Optimasi Teknik Fragment Analysis Untuk Deteksi Microsatellite Instability (MSI) Menggunakan Spesimen Formalin-Fixed Paraffin Embedded (FFPE)

Abstract

Kanker kolorektal merupakan keganasan yang terjadi di kolon dan rektum. Kanker kolorektal digolongkan menjadi dua berdasarkan faktor penyebabnya yaitu kanker kolorektal sporadis dan kanker kolorektal herediter. Penilaian status MSI menjadi hal yang penting karena pasien kanker kolorektal dengan status MSI positif memiliki prognosis yang lebih baik. Jaringan dan formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) merupakan spesimen yang dapat digunakan untuk menilai status MSI dengan teknik fragment analysis. Penelitian dilakukan secara observasional deskriptif dengan desain eksperimental di Laboratorium Biologi

Molekuler bagian Penelitian dan Pengembangan Rumah Sakit Kanker Dharmais pada Januari-Juni 2022. Berdasarkan hasil penelitian, terdapat faktor yang memengaruhi hasil deteksi MSI yaitu, waktu injeksi pada alat Genetic Analyzer, konsentrasi DNA, dan volum produk PCR. Kondisi optimal deteksi MSI menggunakan spesimen jaringan yaitu dengan waktu injeksi 8 detik dan konsentrasi DNA 2 ng/µL dengan volum 2 µL untuk PCR, sedangkan untuk spesimen FFPE yaitu dengan waktu injeksi 15 detik dan konsentrasi 20 ng/µL dengan volum 2 µL untuk PCR. Disimpulkan bahwa spesimen FFPE dapat digunakan untuk mendeteksi MSI, namun dengan kondisi optimal yang berbeda dengan spesimen jaringan. DNA yang diperlukan dari spesimen FFPE cenderung lebih banyak, yaitu total 40 ng/µL, dibandingkan dengan DNA dari jaringan yang total hanya 2 ng/µL. Selain itu, waktu injeksi yang diperlukan oleh spesiman FFPE juga hampir dua kali lebih lama daripada spesimen jaringan (15 detik dibandingkan dengan 8 detik).